Folding@Home
Van DPC wiki
Folding@Home
Folding@Home (afgekort F@H) is een distributed computing-project met als doel meer te weten komen over eiwitten, met name over wat ze doen en hoe ze vouwen (folding).
Eiwitten zijn de werkpaarden van het lichaam, maar voordat ze kunnen werken moeten ze zich op een bepaalde manier rangschikken, het zogenaamde ordenen of: vouwen. Dit vouwen is fundamenteel voor alle biologische wezens, maar voor de mens eigenlijk bijna een compleet mysterie. Dit vouwen gebeurt constant in het lichaam, maar het gebeurt wel eens dat dit misgaat, het zogenaamde misvouwen. Soms is er niets aan de hand als dat gebeurt maar het kan ook gebeuren dat het grote gevolgen heeft. Een aantal ziekten zijn gerelateerd aan dit misvouwen, bijvoorbeeld Alzheimer, BSE (Bovine Spongiform Encephalopathy, ofwel gekke koeien ziekte), CJD (Creuzfeldt-Jakob Disease), ALS (Amyotrophic Lateral Sclerosis) en Parkinson.
FAQ
Algemeen
Begin oktober 2000 is Folding@Home gestart door de Stanford Universiteit. Op dit moment doen meer dan 100 000 mensen mee.
Het doel van Folding@Home is het simuleren hoe eiwitten folden, misfolden, aggregatie van eiwitten en de hieraan gerelateerde problemen, waarover later meer. F@H begon met een client die versie 1.0 met zich mee droeg. Na verloop van tijd is F@H verbeterd en is een 'nieuw' tijdperk van folden aangebroken met client v2.0. Versie 1 en 2 zijn niet compatible, daarnaast zijn alle stats weer op 0 gezet zodat iedereen op gelijke voet kon beginnen. Op dit moment is er een client, met versie 5, voor Windows, Linux en MacOS X en met een omweg ook op *BSD.
Natuurlijk moesten de Dutch Power Cows ook van de partij zijn. Op woensdag 24 Oktober 2001 verscheen op GoT de eerste stats voor dit project. Sinds die tijd is het aantal mensen gestaag gegroeid van 14 tot over de 1000 leden. Vergeleken met andere projecten is F@H dus een kleintje. Desalniettemin is DPC bij F@H een top-30 speler.
DPC heeft teamnummer 92
Doel
Het doel is meer te weten komen over eiwitten. Voornamelijk over wat ze doen en hoe ze vouwen(folden). De Folding@Home client simuleert het folden van deze eiwitten, maar ook bijvoorbeeld misfolden en aggregatie tussen eiwitten. Door te simuleren wordt het mogelijk gemaakt direct onderzoek te doen naar het folden en de hieraan gerelateerde ziekten.
Eiwitten zijn eigenlijk aaneenschakelingen van aminozuren. Deze basisblokken rangschikken zich in lange kettingen van aminozuren. De eiwitten vormen de basis voor de manier waarop een lichaam dingen doet. Ze zijn de 'brandstof' voor alle biologische processen in een lichaam. De eiwitten zijn de bouwstenen voor ons lichaam van botten tot aan haar. Daarnaast spelen ze een belangrijke rol in ons afweersysteem. Ze hebben de 'kennis' om dingen die niet in een lichaam thuis horen te herkennen en te verwijderen, zoals bijvoorbeeld griep of de mazelen. Doordat de eiwitten eigenlijk de basis is voor alles in de biologie zijn onderzoekers er erg in geïnteresseerd. Hoe de eiwitten zijn opgebouwd is tegenwoordig volledig bekend, door het human genome project. De blauwdrukken zijn dus al bekend maar wat men nog steeds niet weet is hoe deze eiwitten hun taak kunnen volbrengen.
Organisatie
Folding@home is een project van de Stanford University in de Verenigde Staten en is een non-profit organisatie. Het mooie is dat de data die verkregen wordt met Folding@Home binnenkort publiekelijk beschikbaar wordt gesteld zodat andere onderzoekers makkelijk de data kunnen gebruiken voor hun eigen onderzoek.
Jane en Leland Stanford richtten de universiteit op ter nagedachtenis van hen kind die in 1884 op 15 jarige leeftijd overleed aan tyfus. Omdat ze niets meer voor hun eigen kind konden doen besloten ze om hun rijkdom in te zetten voor de kinderen van anderen. Na 6 jaren van plannen en bouwen, opende op 1 oktober 1891 de Stanford University voor het eerst haar deuren. Vandaag de dag zitten er meer dan 14.000 studenten op de Stanford University.
Binnen de Stanford University houdt een bepaalde groep mensen zich bezig met het project Folding@home, deze groep noemt zich de Pande Group. De Pande Group houdt zich dus bezig met het wetenschappelijke onderzoek zelf, maar ook bijvoorbeeld met de statistieken en de software die gebruikt wordt.
Achtergrond en geschiedenis
Looptijd
De duur van het project is in principe oneindig, natuurlijk altijd afhankelijk van de financiën. Daarnaast is de complexiteit van dit onderzoek van dusdanig niveau dat het niet een twee drie mogelijk is een oplossing te vinden, daarnaast zal er nooit één gouden oplossing gevonden kunnen worden.
Prijzen
Omdat er geen einde aan het project zit, en er niet één winnend punt is of iets dergelijks, is er geen uiteindelijke winnaar die een prijs krijgt. Eigenlijk is de maatschappij de winnaar - wie weet welke ziektes er allemaal genezen kunnen worden in de toekomst door dit onderzoek!
Security
Voor het folding@home programma zijn er geen mogelijkheden bekend om via een netwerk van buitenaf toegang te verkrijgen op een pc die de client draait.
Cheatmogelijkheden
Valsspelen (het zgn. cheaten) is bij folding@home niet mogelijk. Cheaten gebeurt bij veel projecten door werk op te halen van een van de centrale servers en vervolgens snel een nepresultaat te genereren en dit terug te sturen naar de server waarna de server denk dat er werk is verricht en dus een beloning in punten geeft.
Bij folding@home is dit niet mogelijk omdat de teruggestuurde pakketten op de server worden gecontroleerd op geldigheid. De methode voor deze controle wordt door Stanford geheim gehouden waardoor cheaten dus niet mogelijk is. Ook houden de servers op Stanford keurig bij met welk eiwit jij bezig bent en accepteren ook geen ander eiwit van jou dan diegene die jij eerst van hun hebt gekregen.
Privacy
Voor deelname aan folding@home hoef je geen persoonsgegevens af te staan. Zelfs je naam hoef je niet op te geven. Wel is het mogelijk om als naam voor je subteam een e-mail adres in te vullen. Mensen die bekend zijn met Distributed computing zullen dit wel weten... De namen van subteams worden in de statistieken gepubliceerd. Je zou dus denken dat je e-mail adres zo op internet komt te staan in de statistieken. Gelukkig heeft Stanford hieraan gedacht. Bij het maken van statistieken wordt enkel het deel voor het apestaartje ( @ ) vermeld. Mocht je dus in mailinglists of adressenlijsten worden opgenomen... aan Stanford zal het niet liggen.
Client
Er zijn clients voor Windows, Linux, MacOSX en met aanpassing ook voor FreeBSD en OpenBSD.
Systeemeisen
De minimale systeemeisen voor een pc die gemiddeld 10 uur per dag aanstaat is een Intel Pentium 2 500Mhz (of vergelijkbaar) met 64mb ram. Zo'n pc zou net alle deadlines moeten kunnen halen. Aangeraden wordt wel om langzame pc's op de zogenaamde "timeless units" projecten te zetten (niet meer/ heel weinig beschikbaar).
Registratie
Om deel te nemen aan Folding@Home is het niet nodig te registreren. Het eenmalig invullen van je gegevens (bij installatie van de client) is voldoende. Vul je een nieuwe naam in, dan ziet stanford dat en wordt er automatisch een nieuwe user geregistreerd. Hier hoef je verder niets voor te doen. Je moet wel als teamnumber nummer 92 opgeven, zodat je vouwt voor DPC.
Om te verifieren of je nieuwe subteam goed is ingevoerd, zul je moeten wachten op de statistieken van de dag nadat je je eerste werk (workunit) teruggestuurd hebt naar de server. In deze statistieken zul je dan je subteams naam terug kunnen vinden.
Indien je aan een subteam wil deelnemen, geef dan als Username: Subteam0membernickname op met een 'null' ertussen!
FAQ Stanford
Voor de originele FAQ kan je terecht op het 'ondersteuningscentrum' van Stanford in het Nederlands of de officiële engelse FAQ.
Fah Wiki
Je kan ook terecht voor FAQ's op Fahwiki, deze is vrij uitgebreid maar wel in het engels.
Installatie
Windows
Standaard installatie
Er wordt uitgegaan van een grafische windows installatie op een pc met 1 logische en/of fysieke cpu. Voor een installatie op een systeem met meerder cpu's of een console installatie lees "Dual en HTT systemen".
Download allereerst de client van de Folding@home site en start
deze daarna op.
De 1e 3 schermen dienen als welkom en worden de voorwaarden getoond. Bij het 4e scherm wordt gevraagd een naam op
te geven. Standaard zal hier al de naam van de gebruiker staan waarmee je bent ingelogd. Ben je daarmee tevreden dan
kan je het laten staan. Zoniet verander het dan meteen. Wil je meedoen met een subteam vraag dan naar informatie bij
je subteamleden of lees het kopje "Subteams" ergens achterin deze faq.
5e scherm vraagt waar het programma moet worden geinstalleerd. Aangeraden wordt om het bij de standaard locatie
te houden. Hierna zal nog worden gevraagd waar je de snelkoppeling in je "start menu" wilt hebben.
Als laatste wordt gevraagd of de applicatie meteen moet worden uitgevoerd en/of de readme file moet worden
bekeken.
Gefeliciteerd, je bent nu de trotse eigenaar van een Folding@home installatie. Nu snel alle stappen herhalen om
de andere pc's in jouw bezit! Je zal in de statistieken komen zodra je 1 unit af hebt en opgestuurd. Voor details
over de huidige status van je client volstaat het 1 keer klikken op de rode bloem rechtsonderin in je
systemtray.
Dual en HTT systemen
Folding@Home biedt ondersteuning voor meerdere fysieke of logische cpu's. Dit gaat alleen niet vanzelf.
Om hiervan volledig gebruik te maken ben je verplicht tot het runnen van 1 console per fysieke of logische
core.
Download de console client van de Folding@home site.
Stop de client in een aparte map. Herhaal dit voor elke logische of fysieke cpu die er in jouw systeem zit. Dat
komt bijvoorbeeld neer op 2 mappen voor een P4 3.2Ghz en 4 mappen voor een Dual Xeon 2.8Ghz.
Nadat de client in alle mappen aanwezig is kan deze worden gestart. Let op! Tijdens de installatie wordt gevraagd
om een "MachineID". Dit moet in elke map een ander nummer zijn: 1 t/m 8. Bij een andere pc kan je gewoon weer met
een schone lei beginnen.
Het configuratieproces ziet er als volgt uit:
Configuring Folding@Home... User name [anonymous]? #Je eigen nickname Team Number [0]? #Dit is 92 voor DPC Launch automatically at machine startup, installing this as a service (yes/no) [no] #Spreekt voor zich Ask before fetching/sending work (no/yes) [no]? #moet het zenden/versturen automatisch gaan of niet User Internet Explorer Settings (no/yes) [no]? #gebruik internet instellingen van IE ja of nee Use proxy (yes/no) [no]? #is er een proxy aanwezig Allow receipt of work assignments and return of work results greater than 5MB in size (such work units may have large memory demands) (no/yes) [no]? #pas aan te raden bij 512MB ram of meer Change advanced options (yes/no) [no]? #bij no komen onderstaande opties niet aan bod, kies "yes" Core Priority (idle/low) [idle]? #prioriteit van de client, aangeraden wordt "idle" CPU usage requested (5-100) [100]? #hoeveel procent mag het proces maximaal gebruiken Disable higly optimized assembly code (no/yes) [no]? #sse/sse2/altivec/3dnow uitschakelen ja of nee Pause if battery power is being used (no/yes) [no]? #stopt de client wanneer de pc niet op netstroom zit Interval, in minutes, between checkpoints (3-30) [15]? #auto-save na zoveel minuten Request work units without deadlines (no-pref/no/yes) [no-pref]? #handig voor langzame pc's, anders gewoon "no" Ignore any dealine information (no/yes) [no]? #gaarne op "no" laten staan Machine ID (1-8) [1]? #heel belangrijk
Maar dan zijn we er nog niet.
Omdat Folding@Home altijd zijn werk doet in de folder die aangegeven staat in het register is het nu nodig om de client te forceren te blijven werken in de map waar de client in is geinstalleerd. We gaan immers meerdere consoles draaien die hun werk wel gescheiden moeten houden.
Dit is te realiseren met de -local flag. Deze flag is niet nodig als de clients later als service worden geïnstalleerd met behulp van de ingebouwde service optie.
Als service onder W2k, XP en 2003
Sinds V5 heeft Folding@home native service support. Tijdens de configuratie wordt je gevraagd of je de client als service wilt installeren. De installatie zal hierna verder gaan als gewone console en bij het rebooten (of handmatig starten van de service) zal de console zich in de achtergrond als service gaan gedragen.
Q: Is het mogelijk om 2 clients op 1 pc beide als service te laten draaien op deze manier?
A: Ja dat is mogelijk, de servicenaam wordt automatisch aangepast -> 1 - 2 - 3 etc
Q: Hoe geef ik bij deze service flags mee zoals -verbosity 9?
A: Dat gaat momenteel helaas alleen via het register:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\Services\FAH@: of HKEY_LOCAL_MACHINE\CURRENTCONTROLLSET\SERVICESAH@:
Daar zie je een key "Imagepath" staan met al 1 flag.
Bewerk deze key en gooi er simpelweg de gewenste flags achteraan.
Als service onder Windows 98 en ME
- Download de grafische versie van F@H
- Installeer deze en start hem daarna op.
Vul hier alle details zoals username en eventuele proxy settings in. Sluit F@H af
- Klik op Start / Uitvoeren en type vervolgens "regedit" (geen " )
Browse naar de volgende locatie:
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServices
Maak hier een nieuwe tekenreeks waarde aan / new string value. Noem deze voor het gemak F@H
- Edit deze string nu en vul in:
C:\Program Files\Folding@Home\winfah.exe
Oftewel, het pad naar de F@H exe. Eventuele flags zijn zo ook mee te editen
C:\Program Files\Folding@Home\winfah.exe -forceasm -verbosity 9
- Windows afsluiten en opnieuw opstarten.
CTRL+ALT+DEL laat nu zien dat "WinFah" draait hoewel deze nergens te zien is. Voila, uw eigen win9* service.
SMP Client
CLI uitvoering
SMP client voor Windows XP / Vista
Er is begin 2007 een nieuwe client uitgebracht welke gebruik maakt van de nieuwe 64-bits dual en multi processoren.
Deze SMP-client (Symmetric Multi-processing) is nog wel in BETA fase dus er kunnen zich nog bugs voordoen. Stanford adviseert om deze beta-software dan ook niet op productie-kritische machines te installeren en vantevoren een goede backup te maken!
Hoe te installeren? - Client downloaden op http://folding.stanford.edu/download.html Neem de ‘Windows 2000/XP/Vista SMP client console version’ SMP 5.91 beta
Voor Windows XP en 2K:
Installeer de Microsoft .NET framework v2.0 voordat je de SMP client installeert. Vervolgens start je de self-extracting installer en kiest een installatie directory en installeer de files op die lokatie. Daarna start het bestand install.bat in de installatie directory om het installatieproces af te sluiten. De client wordt opgestart door de fah.exe binary te draaien.
Meer gedetailleerde gegevens staan hieronder. Er wordt gewerkt aan 'installers' om dit proces te vereenvoudigen en deze zullen beschikbaar komen als de SMP client uit de beta testfase komt. Wees in elk geval voorzichtig om nooit over een bestaande installatie heen te installeren.
Voor Windows Vista:
de .NET framework v2.0 is niet nodig (dat is al geïnstalleerd). Start de self-extracting installer en kies een installatie directory en installeer de files op die lokatie. Daarna start het bestand install.bat in de installatie directory om het installatieproces af te sluiten. De client wordt opgestart door de fah.exe binary te draaien.
Detailed Windows SMP Install Manual
DETAILED WINDOWS INSTALLATION INSTRUCTIONS
Installation instructions are also included with the client download in a readme.rtf file. NOTE: The account under which the client runs MUST have a password. Blank passwords will cause the FAH cores to fail. 1. Required component for XP & 2000 (not Vista, as it is built in): The Windows SMP client requires the Microsoft .NET framework v2.0; please install this prior to installing the client. The version 2.0 framework is required; it can co-exist with other versions, but this version must be installed. It can be obtained from Microsoft at the following URL: http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?familyid=0856eacb-4362-4b0d-8edd-aab15c5e04f5&displaylang=en. Administrator privileges are required for install. 2. Unpack files. Run the self-extracting installer to unpack the SMP client files. 3. Client installation. Run install.bat from within the SMP install directory to complete the installation. This will install MPI services that the client needs. If you have Windows Firewall enabled, you may get a pop-up window asking if you should give access to the smpd and mpiexec programs. Grant access. If you use an alternate firewall product, you will likely have to make a similar exception for smpd.
- NOTE** The username and password you provide for mpiexec should be your Windows login that you will run the client under. This is used for authentication on your local machine. It is cached in encrypted form in your Registry and is not transmitted to FAH servers.
At the end of the install process, you should see two lines of output: If you see this twice, MPI is working If you see this twice, MPI is working If you do not see these lines, do not start the client. MPI is not successfully installed, and the client will not run successfully. 4. Run the client: Run fah.exe to start the SMP client. You will get another pop-up firewall window. Note: We do not currently support running the SMP client as a service.
5. Troubleshooting: If the client reports an error code -1, it is likely due to an mpi problem. Try re-registering mpiexec by running mpiexec –register or install.bat.
Windows met Ubuntu SMP Client onder VMWare
F@H SMP Ubuntu client als Virtual Machine voor Win XP en Vista, deze client is gemaakt voor 64bit Linux systemen. Om deze SMP client toch te kunnen draaien op een 64 bits dual/multicore processor onder Windows XP 32 bits kan je gebruik maken van VMWare (Virtual Machine).
GPU Client
CLI uitvoering
Windows XP/Vista GPU client console version
Beknopte installatie-instructie
Ga naar de website van Stanford Folding@home Download de Windows XP/Vista GPU client console version (with multi-GPU support).
Deze word op dezelfde manier geinstalleerd als de CPU client console version. Echter om hem te kunnen draaien zal je ook DirectX: 9.0c (4.09.0000.0904) of een nieuwere versie, download hier. De client werkt het beste met 1 van de volgende catalyst (ati drivers) versies: 6.5 6.10 6.11 of 7.2, andere drivers zullen niet werken of een slechtere performance geven.
Voor meer informatie kan je kijken in de FAQ-ATI bij stanford of op hun forum, beide zijn in het engels. Voor minder addequate hulp kan je terecht op GoT.
GUI uitvoering
Windows XP/Vista GPU GUI version
Beknopte installatie-instructie
Ga naar de website van Stanford Folding@home Download de Windows XP/Vista GPU client GUI version v5.91 beta4 versie.
Deze word op dezelfde manier geinstalleerd als de CPU GUI version. Echter om hem te kunnen draaien zal je ook DirectX: 9.0c (4.09.0000.0904) of een nieuwere versie, download hier. De client werkt het beste met 1 van de volgende catalyst (ati drivers) versies: 6.5 6.10 6.11 of 7.2, andere drivers zullen niet werken of een slechtere performance geven.
Note: Het word afgeraden om deze te draaien, omdat het veel vercht van je grafische kaart en er daardoor minder resources overblijven, met als logisch gevolg een slechtere performance. Daarnaast is het mogenlijk dat je beeld freezed met deze versie.
Voor meer informatie kan je kijken in de FAQ-ATI bij stanford of op hun forum, beide zijn in het engels. Voor minder addequate hulp kan je terecht op GoT.
Linux
Linux(FreeBSD/OpenBSD)/x86
De linux installatie is vrij simpel. Download allereerst vanaf Stanford de linux console.
wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH502-Linux.exe chmod +x FAH502-Linux.exe # daarna eerst even de client configureren ./FAH502-Linux.exe -configonly # configureer de client naar wens maar vergeet niet dat DPC teamnummer 92 heeft # na de configuratie kan de client worden gestart: ./FAH502-Linux.exe -verbosity 9 #of hidden nohup ./FAH502-Linux.exe -verbosity 9
De flags: -pause -service -local zijn niet aanwezig in de linux console.
Een andere handig methode om de client te installeren is gemaakt door Ivoshiee, finstall. Hij heeft een aantal scripts gemaakt dat niet alleen de client installeerd en configureerd maar ook als service start. De installatie methode werkt onder Linux, FreeBSD, OpenBSD, MacOSX en Wine. Ivoshiee heeft op het forum van Folding@home een uitleg geplaatst.
Linux/x86_64 SMP client
SMP client voor Linux
Er is een nieuwe client uitgebracht welke gebruik maakt van de nieuwe 64-bits dual en multi processoren.
Deze SMP-client (Symmetric Multi-processing) is nog wel in BETA fase dus er kunnen zich nog bugs voordoen. Stanford adviseert om deze beta-software dan ook niet op productie-kritische machines te installeren en vantevoren een goede backup te maken!
Hoe te installeren?
- Client downloaden op http://folding.stanford.edu/download.html Neem de ‘Linux (x86-64 bit, only) SMP client console version 5.91 beta’
Voor Linux: Pak de files uit en start de fah5 binary op. Voor degene die niet bekend zijn met FAH op Linux, zie de FAH wiki voor de basisinstructies van FAH op Linux. (Of de FINSTALL code tutorial op de FAH wiki.
Detailed Linux SMP Install Manual
DETAILED LINUX INSTALLATION INSTRUCTIONS
We are in the process of making an installer to make this process much easier. For now, here are detailed instructions to setup the SMP client. 1) Go to Terminal. Depending of your desktop engine (KDE, GNOME, ...) the Terminal application can be at different places, but you'll find it. GNOME has it at "Applications->Accessories->Terminal". Open Terminal.
2) In the Terminal window you should see a prompt that looks something like this:
yourusername@yourcomputername ~ $
3) To get the SMP FAH client going type in following commands:
mkdir -p ~/folding/FAH cd ~/folding/FAH curl -O http://folding.stanford.edu/release/folding/FAH_SMP_Linux.tgz tar xzf FAH_SMP_Linux.tgz
Note: If you don't have curl available on your machine, use wget instead:
wget http://folding.stanford.edu/release/FAH_SMP_Linux.tgz 4) Now you should have the SMP FAH client in place and you'll have to configure it. It can be done by running following command:
./fah5 -configonly
After setting the configuration there are couple of ways to start the SMP FAH client. One way is to start it is by typing in each time the following command
./fah5 -verbosity 9
5) OPTIONAL: To make it a little easier for yourself, one can making a script by running following commands:
echo "./fah5 -verbosity 9" > FaH chmod +x FaH
Now you'll just have to run
./FaH
and all those additional FAH client flags will get added by itself.
Note: All those listed commands MUST be typed/pasted from this little HOWTO to the terminal (window) of your machine. Example:
user@box ~ $ mkdir -p ~/folding/FAH user@box ~ $ cd ~/folding/FAH user@box FAH $ curl -O http://folding.stanford.edu/release/FAH_SMP_Linux.tgz % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed 100 138k 100 138k 0 0 34461 0 0:00:04 0:00:04 --:--:-- 39789 user@box FAH $ tar xzf FAH_SMP_Linux.tgz user@box FAH $ ls -la total 960 drwxr-xr-x 5 user guest 170 Nov 6 23:58 . drwx------ 18 user guest 612 Nov 6 23:55 .. -rw-r--r-- 1 user guest 138145 Nov 6 23:56 FAH_SMP_Linux.tgz -rwxr-xr-x 1 user guest 282796 Nov 4 07:04 fah5 -rwxr-xr-x 1 user guest 60156 Oct 27 16:52 mpiexec user@box FAH $ ./fah5 -local -configonly ... user@box FAH $ echo "./fah5 -local -verbosity 9" > FaH user@box FAH $ chmod +x FaH user@box FAH $ ./FaH ...
Mac OS X X/PPC
De MacOS X installatie is bijna net zo makkelijk als die voor de andere UNIX OSen.
$ curl -O http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH5.02-CLI.dmg $ hdiutil mount FAH5.02-CLI.dmg Checksumming DDM... DDM: verified CRC32 $7BFE68F4 Checksumming Apple (Apple_partition_map : 0)... ... Apple (Apple_partition_map : 0): verified CRC32 $7C71A22C Checksumming disk image (Apple_HFS : 1)... .................................................................................................................... disk image (Apple_HFS : 1): verified CRC32 $D6C4A0BF Checksumming (Apple_Free : 2)... (Apple_Free : 2): verified CRC32 $00000000 verified CRC32 $0D22E3BC /dev/disk5 Apple_partition_scheme /dev/disk5s1 Apple_partition_map /dev/disk5s2 Apple_HFS /Volumes/FAH5-CLI $ cp /Volumes/FAH5-CLI/fah5 . $ hdiutil eject disk5 "disk5" unmounted. "disk5" ejected. $ ./fah5 -configonly $ ./fah5 -verbosity 9 -local
Een andere handig methode om de client te installeren is gemaakt door Ivoshiee, finstall. Hij heeft een aantal scripts gemaakt dat niet alleen de client installeerd en configureerd maar ook als service start. De installatie methode werkt onder Linux, FreeBSD, OpenBSD, MacOSX en Wine. Ivoshiee heeft op het forum van Folding@home een uitleg geplaatst.
Mac OS X/x86
SMP Client
Client Installer
- Client Installer v5.91 beta (Client installer)
CLI uitvoering
- CLI client v5.91 beta SMP Console Client
Instructie handleiding
Hoe te installeren?
- Client downloaden op Stanford Download
Neem de volgende download:
"Mac OS X (Intel) SMP client console version"
Of de Client Installer:
"Mac OS X (Intel) SMP client Installer"
De Client Installer wordt aangeraden door Stanford. Maar de CLI client wordt ondersteunt door 3rd party tools als finstall en InCrease.
Installeer de console client met de hand:
Voor Mac OSX: untar de files en kopieer de mpiexec file naar de ~/Library/Folding@Home directory en run vervolgens de fah5 binary.
FOLDING@HOME/SMP OSX INSTALLER BETA RELEASE NOTES VOOR INSTALLATIE Voordat je Folding@home installeert: . Indien je al een Folding@home client draait, stop de client, deze kan later weer opgestart worden en afgemaakt worden. . Indien je een script of andere software gebruikt om Folding@home automatisch op te starten, MOET je deze de-activeren voordat je gaat installeren. . Zorg ervoor dat ingelogd bent als de gebruiker waaronder Folding@home voor moet draaien. Na de installatie: . Na de istallatie, open de System Preferences, en stel de Folding@home voorkeuren in en start de client. Let op!!: LAAT NIET MEER DAN 1 CLIENT DRAAIEN! De work units zullen dan niet op tijd gereed zijn. Eenmaal opgestart, zal de client altijd draaien indien je machine aanstaat, maar deze kan altijd gestopt worden door via de System Preferences. Elke administrator kan de client starten of stoppen. De Viewer is 'not done'. Voor ervaren vouwers, flags zoals -advmethods zijn niet langer nodig, omdat deze allemaal al hard mee-gecodeerd zijn. Deze beta versie zal ophouden met werken op 1 april 2007!!!! Er kunnen zich problemen voordoen indien je hem vantevoren niet stopt of upgrade. Dus aub alleen op machines installeren welke je kan monitoren.
Console Installation Instruction Manual
DETAILED OSX INSTALLATION INSTRUCTIONS (CONSOLE VERSION)
The preferred means for OSX installation is the installer (above). Here are detailed instructions to setup the SMP client console version if you choose to run this one instead.
1) Go to Terminal: In the Finder ribbon, select Go-> Utilities. Open Terminal.
In the Terminal window you should see a prompt that looks something like this:
yourcomputername:~ yourusername$
2) To get the SMP FAH client going type in following commands:
mkdir ~/Library/Folding@Home cd ~/Library/Folding@Home curl -O http://folding.stanford.edu/release/FAH_SMP_OSX.tgz tar xzf FAH_SMP_OSX.tgz
3) Now you should have the SMP FAH client in place and you'll have to configure it. It can be done by running following command:
./fah5 -local -configonly
4) After setting the configuration there are couple of ways to start the SMP FAH client. One way is to start it is by typing in each time the following command:
./fah5 -local -verbosity 9
5) OPTIONAL: To make it a little easier for yourself, one can make a little script by running following commands:
echo "./fah5 -local -verbosity 9" > FaH chmod +x FaH
Now you'll just have to run:
./FaH
and all those additional FAH client flags will get added by itself.
Note: All those listed commands MUST be typed/pasted from this little HOWTO to the terminal (window) of your machine:
Example (OSX): Welcome to Darwin! box:~ user% mkdir ~/Library/FAH box:~ user% cd ~/Library/FAH box:~/Library/FAH user% curl -O http://folding.stanford.edu/release/FAH_SMP_OSX.tgz % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed 100 138k 100 138k 0 0 34461 0 0:00:04 0:00:04 --:--:-- 39789 box:~/Library/FAH user% tar xzf FAH_SMP_OSX.tgz box:~/Library/FAH user% ls -la total 960 drwxr-xr-x 5 user guest 170 Nov 6 23:58 . drwx------ 18 user guest 612 Nov 6 23:55 .. -rw-r--r-- 1 user guest 141900 Nov 6 23:56 FAH_SMP_OSX.tgz -rwxr-xr-x 1 user guest 282796 Nov 4 07:04 fah5 -rwxr-xr-x 1 user guest 60156 Oct 27 16:52 mpiexec box:~/Library/FAH user% ./fah5 -local -configonly ... box:~/Library/FAH user% echo "./fah5 -local -verbosity 9" > FaH box:~/Library/FAH user% chmod +x FaH box:~/Library/FAH user% ./FaH
Client Installatie verwijderen
TO UNINSTALL
To completely uninstall, you want to delete these 4 things...
/Applications/Folding@home.app/ /Library/LaunchDaemons/Folding@home.plist /Library/PreferencePanes/Folding@home.prefPane/ ~/Library/Folding@home/
All are easy to get to with Finder. Removing the last one has the expected permanent loss of config and WU's.
FreeBSD
De FreeBSD installatie is bijna gelijk aan de Linux installatie, je hoeft de client alleen de -freeBSD flag extra mee te geven. Download allereerst vanaf Stanford de linux console.
wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH502-Linux.exe chmod +x FAH502-Linux.exe # daarna eerst even de client configureren ./FAH502-Linux.exe -configonly # configureer de client naar wens maar vergeet niet dat DPC teamnummer 92 heeft # na de configuratie kan de client worden gestart: ./FAH502-Linux.exe -freeBSD -verbosity 9 #of hidden nohup ./FAH502-Linux.exe -freeBSD -verbosity 9
De flags: -pause -service -local zijn niet aanwezig in de linux console.
Een andere handig methode om de client te installeren is gemaakt door Ivoshiee, finstall. Hij heeft een aantal scripts gemaakt dat niet alleen de client installeerd en configureerd maar ook als service start. De installatie methode werkt onder Linux, FreeBSD, OpenBSD, MacOSX en Wine. Ivoshiee heeft op het forum van Folding@home een uitleg geplaatst.
OpenBSD
In het engels maar dat moet voor de OpenBSD gebruikers geen probleem zijn. Enjoy!
Make sure you have openbsd 3.5 or later installed
As root type the following commands:
echo 'kern.emul.linux=1 # enable running Linux binaries' >> /etc/sysctl.conf cd /usr ftp ftp://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/3.5/ports.tar.gz tar xzf ports.tar.gz cd /usr/ports/emulators/redhat/base make install
Now download the Linux Console version 5.02 as regular user, eg:
mkdir fold cd fold ftp http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH5Console-Linux.exe chmod +x FAH5Console-Linux.exe ./FAH5Console-Linux.exe -openBSD -advmethods
It can not fold tinker core and error out for some reason. So I normally add the flag -advmethods to get more gromacs and being more productive rather than error out on tinker core all the time.
Een andere handig methode om de client te installeren is gemaakt door Ivoshiee, finstall. Hij heeft een aantal scripts gemaakt dat niet alleen de client installeerd en configureerd maar ook als service start. De installatie methode werkt onder Linux, FreeBSD, OpenBSD, MacOSX en Wine. Ivoshiee heeft op het forum van Folding@home een uitleg geplaatst.
Quickinstall
Mogelijkheden client
Handelingen
- Backuppen client:
Het backuppen van de client gaat vrij eenvoudig. Backup allereerst de volledige Folding@home map inclusief de work directory. Voor windows installaties is het daarna ook nodig om het userID uit het register te halen. Start hiervoor "regedit" en exporteer de gehele "PandeGroup" keyreeks. Deze is te vinden onder:
HKEY LOCAL MACHINE/Software/PandeGroup/
Vergeet deze niet weer te importeren als je een backup wilt terugzetten op een systeem waar het userID nog niet bekend is.
- Handmatig versturen resultaten:
Om resultaten handmatig te versturen kun je het beste gebruik maken van de console versie van Folding@home; de grafische versie geeft niet genoeg feedback. Start de client met de flag -send all of -send *, waar * staat voor het cache slot wat moet geupload moet worden:
C:\Program Files\Folding@Home\fah502-console.exe -send all
Linux:
/home/$user/FAH502-Linux.exe -send all
De resultaten zullen nu worden verzonden naar de servers van Stanford. Zodra de client hiermee klaar is zal hij zichzelf afsluiten.
Geavanceerd
Hieronder alle mogelijke flags voor de Folding@Home client versie 5.02
- -local: Slaat al het werk lokaal op en kijkt niet naar de in het register vermelde installatie lokatie.
Wordt aangeraden voor het gebruiken van meerdere clients. Niet nodig voor de Linux client.
- -verbosity *: Geeft aan in in welke mate je output van de client wilt hebben.
- gaat van 1 tot en met 9. Waar 1 bijna niks is en 9 maximaal.
Aangeraden wordt om altijd met -verbosity 9 te draaien i.v.m. troubleshooting.
- -send * en -send all: Het forceren van het verzenden van gebufferde units.
De client zal nu alleen opstarten om resultaten te versturen en afsluiten zodra hij hiermee klaar is. -send * gebruiken voor specifiek aangeven welk queue slot moet worden verstuurd. En -send all voor het versturen van alle gebufferde units.
- -queueinfo: Geeft alle cache slots weer met hun status. (leeg/vol/current)
- -config: Start de client om de configuratiefile (client.cfg) aan te passen. Hierna zal de client doorgaan/beginnen met werken.
- -configonly: Start de client om de configuratiefile (client.cfg aan te passen.
Hierna zal de client afsluiten.
- -delete *: Het handmatig verwijderen van queue slots. * staat voor nummer van queue slot.
In principe nooit nodig; de client zal zelf bepalen of een unit moet worden verwijderd of niet. Aanwezig in noodgevallen.
- -pause: De client zal na het voltooien van de huidige unit deze proberen te verzenden en daarna op standby gaan.
- -oneunit: De client zal 1 unit afmaken en daarna stoppen.
- -service: Moet worden gebruikt als de client als service is geinstalleerd met behulp van een programma anders dan de client zelf. Met deze flag zal de client niet afsluiten als de user zelf uit wil loggen.
Niet nodig voor de linux client en als de als de client is geinstalleerd via de ingebouwde service-installer
- -forceasm: Hiermee wordt het gebruik van SSE instructies geforceerd.
In het geval van een crash of instabiliteit zal je client daarna de SSE instructies uitschakelen om zo toch, hetzij langzamer, door te kunnen gaan. Deze flag zorgt ervoor dat dat niet gebeurd en de client hoe dan ook SSE instructies zal gebruiken. Indien SSE instructies niet aanwezig zijn zal worden teruggevallen op 3DNow of, als deze ook niet aanwezig zijn, op normale instructies zonder optimalisatie. Indien de pc een Mac is zal er alleen geforceerd gebruik worden gemaakt van Altivec
- -forcesse: *OBSOLETE SINCE V5. Alleen vermeld uit historische overweging :P
- -advmethods: Hiermee geef je aan tevreden te zijn met BETA units; deze units zijn nog niet 100% bugvrij. De ervaring leert echter dat bugs hier nauwelijks in voorkomen en dat het als voordeel heeft dat het bijna altijd betekend dat je Gromacs krijgt.
- -freeBSD: Geen uitleg nodig lijkt mij.
- -openBSD: Ook wel duidelijk zo.
Offline mogelijkheden
Het is mogelijk om offline machines van werk te voorzien. Voor elke online machine kunnen 7 offline machines worden gebruikt. Maak allereerst een installatie met "MachineID 1". Maak hierna nog een map aan met een installatie met "Machine ID 2" Zie "Megaflushen" voor het volkrijgen van de cache van deze installatie.
Exporteer de registerkey van stanford HKEY_LOCAL_MACHINE/software/pandegroup naar een verwisselbaar medium. Kopiëer vervolgens de hele dir inclusief /work naar een verwisselbaar medium
Importeer op de offline machine vervolgens de registerkey en gooi daarna de client directory op dezelfde plek waar je hem op de online pc vanaf hebt gehaald.
Start de client.
Herhaal dit bij elke machine maar dan met een ander "MachineID". Het flushen van resultaten kan gedaan worden zonder opnieuw gekloot met registerkeys; dit is éénmalig geweest. Kopiëer de hele directory weer terug naar de online pc en start deze met -send all
Megaflushen
Megaflushen hoort sinds de V4.0 client tot de mogelijkheden van Folding@Home, maar wordt niet door de project organisatie gewaardeerd.
Bij Folding@Home is het allerbelangrijkst dat de WorkUnits zo snel mogelijk worden verwerkt en weer ingeleverd. Van ingeleverde WUs worden namelijk weer nieuwe WUs gegenereerd. Aan WUs zijn twee deadlines verbonden die van invloed zijn op een WU, de Preferred Deadline en de Final Deadline.
Zie ook: FAH Wiki: WorkUnits - WU Deadlines
Als een client zijn WU niet ingeleverd heeft op het moment dat de Preferred Deadline verstrijkt zal deze WU opnieuw ge-assigned worden aan een andere client omdat men de kans groot acht dat de WU verloren is gegaan. Als de WU voor de Final Deadline wordt ingeleverd zal je hier alsnog de credits voor krijgen, maar is er een vertraging in het verloop van het project gekomen en is de de waarde van de Science verminderd.
Om deze redenen was het getolereerd om WUs op te sparen, maar het liefst alleen met WUs zonder deadline, de voormalige Genome@Home WUs aka Deadlineless WUs/Timeless Tinkers. Er zijn al een tijd geen WUs meer zonder deadline en daarom is het van uiterst belang dat als er gespaard wordt met Folding@Home WUs dat deze voor het verstrijken van de Preferred Deadline weer ingeleverd worden. Zolang aan deze eisen voldaan wordt zal de project organisatie weinig problemen hebben met het sparen van WUs, leden van het Folding@Home Support Forum hebben een aanzienlijk lagere tolerantie voor WU caching.
Hoe te Megaflushen
Standaard kan met de client een buffer worden aangelegd van 10 workunits. Voorheen waren dit altijd Genome@Home units maar met het einde van dit project zijn deze units vervangen door echte Folding@Home units. In het begin waren dit vrijwel alleen Tinker units maar vandaag de dag kunnen dat net zo goed Gromac units zijn.
Het concept is simpel:
Run de client en geef tijdens de configuratie aan dat je timeless units wilt.
Geef "yes" bij de vraag: "minimize networking/download in batches" In je client.cfg file zal dit het volgende toevoegen:
[clienttype] type=2 nonet=yes
Hierdoor zal de client 10 units bufferen en deze daarna 1 voor 1 uitrekenen
Nu kan het nog ingewikkelder gemaakt worden door te zeggen er niet alleen door 1 installatie 10 units kan worden gespaard, maar dat je ook nog eens 8 installatie's kan maken. Dat leverd dus 80 units op die je kan cachen.
Hieronder wordt beschreven hoe dat in zn werk gaat maar vooraf wil ik alvast melden dat dit voor de geavanceerde gebruiker is!
Kort gezegd:
1 UserID: bewaard als registerkey
Elk UserID kan 8 MachineID's bevatten.
UserID's worden door Stanford toegewezen, hiermee kloten heeft tot gevold dat je geen punten krijgt voor ingeleverde units.
MachineID's kan je zelf in de client.cfg of tijdens de configuratie installen.
De benodigdheden:
- UD-monitor
- Console V5
- Geduld
Download de fah5console.exe van Stanford en plaats deze in een aparte map.
Ga nu via de command prompt naar die map toe en geef als commando:
fah5**console.exe -local -configonly
De console zal nu starten en beginnen met de configuratie van de client. Geef hier aan dat je "timeless units" werk wilt doen en geef "yes" bij "minimize networking". Username lijkt mij duidelijk. Teamnummer is nog steeds 92. MachineID = 1. Hierna zal de client afsluiten zonder een unit te hebben gedownload, dit komt later pas.
Installeer en run UD-Monitor via de udmon-fah.bat file.
UD-Monitor zal nu vragen om de locatie van de client. Wijs deze aan.
Ga in UD-Monitor naar de tab "Cache" en vink daar aan: "Use cache"
Geef dan een rechtermuisklik in het witte veld en kies voor "New slot".
Herhaal dit tot je 8 slots heb gemaakt.
Geef nog een keer een rechterklik in het witte veld en kies nu voor de optie "send/receive" (f12)
UD-Monitor zal nu de cache van elk slot gaan vullen. Dit kan een tijdje duren; 80 wu's is niet niks.
Voordat je UD-Monitor nu start ga je eerst naar "settings" -> "F@h" en kies je voor de optie "Configure slots"
Geef hier aan dat je een proxy wilt gebruiken en vul als proxy een niet bestaande proxy in. Hiermee zorg je ervoor dat je clients nooit hun resultaten zullen versturen maar lekker alles bufferen.
Configureer UD-monitor nu verder naar eigen wens en start het.
Verander NOOIT de command-line parameters! Laat deze altijd op ALLEEN -local staan! Doet je dit niet dan kan je hiermee je hele cache verkloten!
Het gedeelte megaflushen is niet foolproof
Monitoren client
"It isn't a service if it isn't monitored. If there is no monitoring then you're just running software."
Programma's
EM3
Electron Microscope III of kortweg EM, is een client monitor welke tot 50 clients kan monitoren.
Operating System: Windows
Helaas is de pagina van EMIII niet meer te bereiken. Gelukkig waren er nog mensen die het nog op hun harde schijf hadden slingeren, zij hebben deze twee mirrors beschikbaar gesteld: mirror 1 (Pyrus) en mirror 2 (Soulmaster)
De EMIII site is binnenkort weer online:
Posted: Today at 19:26 So Sorry guys... been buried in work and when roadrunner took over as my isp they were supposed to migrate everything... well they didn't... soon as i get some free time i will re-upload everything... total pain... Larry
DCmonitor
DCMonitor kan voor diverse projecten de client monitoren. Momenteel zijn de ondersteunde projecten: Distributed Particle Accelerator Design (DPAD/MUON), Great Internet Mersenne Prime Search (GIMPS), Search for Extra Terestrial Intelligence (SETI), Folding at Home (F@H) en Seventeen or Bust (SoB)
Operating System: Windows
FAHlogstats
FAHLog Stats is een programma wat door middel van alleen de logfiles van de Folding@Home client meerdere clients te monitoren.
Operating System: Windows
qd
qd is een kleine command-line applicatie om de inhoud van queue.dat van de Folding@Home client te tonen.
Na het tragisch overlijden qd's auteur Dick Howell in Augustus 2005, zijn er sinds November 2005 de automatische updates van qd beschikbaar in qd-tools. Deze updates worden verzorgt door de developer van FCI in samenwerking met de developers van InCrease en EM3
Operating Systems: Windows, Linux, MacOS X, FreeBSD, OpenBSD
FCI
Folding@Home Client Info of kortweg fci, is een set Perl scripts welke in combinatie met een Apache mod_perl website Folding@Home clients kan monitoren. Door het client-server design kan fci zowel Windows als Linux clients monitoren. Het word ontwikkeld door een member van DPC
Operating Systems: Windows, Linux
InCrease
InCrease is een GUI voor het installeren, configureren, monitoren en controleren van de Folding@Home command-line client voor OSX.
Let bij het configureren goed op het team nummer welke in InCrease standaard op 1971 staat. Het team nummer van de developer, Team MacOS X. Gebruik team nummer 92 voor de Dutch Power Cows.
Operating Systems: MacOS X
UD Monitor
Downloaden op: UD Monitor
UD Monitor draait onder Win XP / Vista, het is een monitor met een cache, men heeft 8 slots waarin 8 WorkUnits kunnen worden gedownload. De monitor ondersteund alle consoleclients onder windows. Het is uitermate geschikt om bijvoorbeeld een offline machine te voorzien van een lading werk middels de zogenaamde sneakernet-methode. Ook is het mogelijk om UD Monitor te gebruiken op Dual- Multi Cores/Processoren.
Een instructie om te sparen en te megaflushen staat op FDO
Operating Systems: Windows
Proxy's
Problemen
Netwerk
Squid
Gebruikers achter een oude squid proxy kunnen problemen ondervinden door een standaard instelling daar die het de user onmogelijk maakt bestanden groter dan 1mb te uploaden.
Firewalls
Folding@home maakt gebruik van poort 80 en 8080, zet deze voor Folding@home dan ook open in je firewall. Tevens is bekend dat Norton Internet Security niet goed overweg kan met Folding@home. De client kan zonder waarschuwing de toegang tot internet worden ontzegd terwijl deze volgens de configuratie wel toegang zou behoren te hebben. Dit probleem is alleen op te lossen door een andere firewall te gebruiken.
Errors
- EARLY_UNIT_END
- FILE_IO_ERROR
- CLIENT_DIED
- UNKNOWN_ERROR
- Client-Core Communications Error
- BAD_FRAME_CHECKSUM
- SPECIAL_EXIT
- 1. EARLY_UNIT END::
Quite possibly the most common error found today. EARLY_UNIT_END is usually caused by one of two things: a bad WU or an unstable system.
If you get one isolated EARLY_UNIT_END, it's most likely just a WU that is bad. It's not a problem, and you shouldn't worry about it. It's usually caused when atoms in the WU reach impossible positions and Gromacs can't continue.
Multiple EARLY_UNIT_END errors are a sign of a severe problem with your machine. Machines that are clocked too high, have heat problems, or possibly have SSE forced on (AMD only) will generate this error. You should stop F@H if you get more than one EARLY_UNIT_END per week per machine, and certainly if you get two in a row. Make sure your machine is up to spec, with reasonable temperatures, reasonable clocking (CPU, FSB, and memory must all be stable), and a good, powerful PSU. EARLY_UNIT_END is most often caused by problems with a user's machine, and an abnormal number of them certainly merits examining your system.
NOTE 1: This message may also be accompanied by a message about LINCS WARNING which gives more information to the programmer about the specific type of error.
NOTE 2: See the description about "-forceasm" causing SPECIAL_EXIT on certain AMD based systems. If you are running an AMD Athlon XP with the Thoroughbred or Barton cores, you should remove the "-forceasm" switch, most likely fixing your problems.
- 2. FILE_IO_ERROR::
An error that occurs when disk operations go bad. This is a fairly general error, having many sub-types. It has plummeted in frequency since the release of Gromacs Core 1.46. Now, this error usually happens when a hardware error occurs: something like "Write 0010, read back 0011". If you experience this error, make sure your hard drives are OK: run ScanDisk, CHKDSK, or fsck, make sure the IDE bus is in spec, make sure you're using good IDE cables, and make sure the drive isn't dying.
FILE_IO_ERROR has also been reported to occur if two Console clients working on the same unit are started. This can occur if you accidentally start one client twice on a dually, instead of two clients once. Thanks to sortofageek for contributing the part about two clients causing this error.
- 3. CLIENT_DIED::
This happens when, simply enough, the client dies. The core is still running, and can't find the client, so it shuts down. This is usually related to overclocking and/or overly aggressive memory timings. Back down on these and this error should vanish.
- 4. UNKNOWN ERROR::
A now rare Gromacs error that usually occurs if there's a corrupt WU being processed. It is no longer common and any instances should probably be reported (post a log, etc.). You may also want to check your hardware if you've had past errors.
- 5. Client-Core Communications Error::
There are several different kinds of this error.
ERROR 0xX is basically another form of an unknown error. It can be found on Linux if you're having Glibc version problems. See the Linux forum for more info. Overclocking is another possible cause. ERROR 0x1 has occured with both Gromacs and Genome units. Its cause is still unknown. This error has not been replicated by the Pande group. There are known solutions to 0xX if it's caused by overclocking (stop!) or Glibc (see Linux forum). Otherwise, there's no known fix. Post relevant sections of FAHlog.txt (including version and type of client) and which version your OS is and continue folding/genoming.
ERROR 0xC0000005 means there was a memory access violation. This is a standard Windows error code for any program trying to access memory it does not control. This can be a rare hardware error and is not cause for concern. Old versions of clients/cores can also cause this problem.
ERROR 0x________, where the blank is an eight-digit hexadecimal code, is usually a general Windows error. Look up the specific Windows error code (if you need help, just post a thread) and you will most likely find the cause.
Thanks to Bruce and Guha for clarifying 0xX errors.
- 6. BAD_FRAME_CHECKSUM::
You'll see a block in your log that looks something like this:
[hh:mm:ss] Header on frame 220 differs from expected header [hh:mm:ss] Got: A028B-5C-3E84B02E-EA1B7D4: 0220 [hh:mm:ss] Expected: A028B-5C-3E84B02E-EA1B7D4: 0219
Note that the two lines of Hexadecimal numerals are the same. This strange error only occurs with Tinker units. The only known cause is when two or more clients are started at once and are working in the same directory, but there may be other causes. This error often, bizzarely, occurs on an early frame but is not detected until the unit's end.
- 7. SPECIAL_EXIT:: à
This severe error means that something unknown happened inside the Gromacs core. The only known cause is when "-forceasm" is applied to an AMD system that is not 100% stable with SSE. CPUs that have had problems include the Thoroughbred B, Barton, and Opteron cored processors. In this case it should be dealt with as an EARLY_UNIT_END error (see above). Removing "-forceasm" will almost certainly fix the problem. SSE related errors are now fairly rare, compared to a few months ago.
If you are not forcing use of SSE and this error occurs, a log should be posted as this is a serious problem.
Current bugs
In de huidige client zit een bug die er voor zorgt dat wanneer men gebruikt maakt van het cachen van timeless units er bij een volle queue de eerste unit niet wordt verzonden. Dit probleem is erkend en een tijdelijke oplossing is er in het runnen van het programma qgen. Dit programma is te vinden op de site van Dick Howell en op het forum is de hele bug nog eens na te lezen. Met dank aan ColdFusion voor het vinden en rapporteren van de bug!
Contact gegevens bij problemen
SandStar ICQ: 62772624 IRC: irc.sorcery.net #dpc #folding@home Mail: SandStar at DutchPowerCows.org
Stats
Waardering
Elke WU wordt gebenchmarked op een 'dedicated' 2.8Ghz Pentium 4 zonder SSE2 draaiend op GNU Linux. Er wordt gekeken hoe lang het duurt voordat deze machine klaar is met een WU. Het aantal punten wordt daarna als volgt berekend:
points = 110 * (daysPerWU).
Daarnaast wordt gekeken hoelang een workunit geldig blijft. Dit wordt als volgt berekend:
timeout = 20 * (daysPerWU) + 2
deadline = max(30 * (daysPerWU) + 2,10), waarbij de deadline nooit minder dan 10 dagen zal zijn.
Timeout staat voor het aantal dagen waarna de unit opnieuw zal worden verzonden aan een andere user. De assignment servers houden rekening met de rekenkracht van een machine die een workunit aanvraagd; de "Performance Fraction" komt hierbij om de hoek kijken.
In de DPCH's op GoT zal je om de zoveel tijd een "mijlpaal" vermelding krijgen. Deze krijg volgens een "1-2-5" principe tot de 100.000. Hierna zul je
elke 100.000 een mijlpaal krijgen.
Oplopend zijn dit de volgende mijlpalen: 10-20-50-100-200-500-1000-2000-5000 ... 100.000 - 200.000 - 300.000 ... 1.000.000 - 1.100.000 etc etc.
Soorten workunits
Er zijn momenteel 8 soorten workunits te krijgen:
- Tinkers:
Core_65
Dit zijn de eerste units uitgegeven door Folding@Home. Berekeningen worden gedaan zonder optimalisaties.
- Gromacs:
Core_78
Dit zijn de meest geliefde units. Ze maken gebruik van SSE of 3DNow instructies. Dit geeft een aanzienlijke snelheidsverhoging aangezien de puntenwaardering is gebasseerd op Gromacs met optimalisaties uitgeschakeld. Zonder optimalisaties zul een Gromac ongeveer net zo snel zijn als een Tinker unit.
- Double Gromacs:
Core_79
Dit zijn Gromac units alleen dan met SSE2 optimalisaties. Zonder SSE2 zullen ook deze net zo hard gaan als een Tinker unit. Systemen zonder SSE2 zullen deze niet krijgen.
- Half Precision Gromacs:
Core_79 / Core_78
Sinds de V5 client zijn deze unit geïntroduceerd als zijnde Large Gromacs. Deze units nemen tussen de 100 en 150mb aan ram in. Om deze te krijgen zal je dit expliciet moeten aangeven in je config of client.cfg. Dit zijn de zogenaamde ">5mb units" aka "Large Gromacs". Voor deze units krijg je ook extra punten vanwege de extra load op je systeem.
- AMBER:
Core_82
Dit zijn units die berekeningen maken die niet met de Tinker of Gromacs-core mogelijk waren. Veel ervaring heb ik er nog niet mee dus info hierover volgt.
- QMD:
Core_96
Deze relatief nieuwe core gebruikt vrij stevige units: een diskspace van ongeveer 40MB en ram gebruik van ongeveer 200MB. De core maakt gebruik van SSE2 optimalisaties en zal ook alleen aan systemen die dit ondersteunen worden uitgegeven.
- BGromacs:
Core_7a
Deze core is een gemodificeerde Core_78. De gemaakte modificaties zorgen ervoor dat deze core nagenoeg hetzelfde werk doet als de oude Tinker core. Als deze core naar behoren werkt en blijft werken zal deze de Tinker core compleet vervangen. Verdere eigenschappen zijn hetzelfde als de gewone Gromacs core.
- Gromacs 3.3:
Core_a0
Dit is een nieuwe uitgave van de reguliere Gromacs core en maakt gebruik van SSE. Op het moment van schrijven is er nog niet zo heel veel van bekend en is de core ook nog alleen op linux te verkrijgen. Wordt vervolgd dus...
Subteams
Zoals bij veel distributed computing projecten is het ook bij folding@home gebruikelijk om te werken onder een subteam dat op zijn beurt weer lid is van een team (in dit geval Dutch Power Cows). Elke team heeft bij folding@home een nummer. Bij Dutch Power Cows is dit 92. Dit teamnummer moet tijdens installatie van de client ingevuld worden. Subteams vormen is bij folding@home mogelijk, maar niet noodzakelijk. Je kunt er dus voor kiezen om geen subteam in te vullen, maar toch voor Dutch Power Cows te folden.
Een subteam maken
Wanneer je onder een subteam wilt folden, moet je een naam voor dit subteam verzinnen (als je die nog niet hebt). Belangrijk is dat deze naam na gekozen te zijn NIET meer veranderd kan worden. Om er zeker van te zijn dat je gewenste naam niet al in gebruik is kun je hier je naam invoeren en een search doen. Let erop dat de naam van je subteam 'case sensitive' is. 'Jantje' en 'jantje' worden dus niet gezien als hetzelfde. Als je in je naam spaties gebruikt, dan zullen deze automatisch vervangen worden door underscores (_).
Wil je ook de stats van je eigen subteammembers zien vul je als username in: teamnaam0membernaam.
Voorbeeld: Team1
Users: Team10piet en Team10henk
Stanford zal dit zien als 2 verschillende gebruikers en op GoT wordt er weer een subteam Team1 van gemaakt met leden Piet en Henk.
Locaties stats
Links voor Folding@Home stats:
Officiëel
DPCH's
Uurstats
Team stats
Andere links
Promotie Flash Film F@H (van Team short-media)]
Hoe de 64 bits SMP client voor Linux onder VMWare te draaien op Windows
Externe links
