UDGrid

Van DPC wiki

Ga naar: navigatie, zoek

Inhoud

[bewerk] UD-Grid

      • AFGEROND PROJECT ***

Bij dit non-profit distributed computing project onder leiding van United Devices wordt gezocht naar medicijnen tegen kanker. In april 2001 is het onderzoek gestart met de eerste fase van het project, met behulp van de analysemethode THINK. In deze fase werden ongeveer 3,5 miljard moleculen oppervlakkig gescand op sommige eigenschappen, met als doel de meest kansrijke kandidaten voor een medicijn te selecteren. In de zomer van 2002 is de tweede fase van start gegaan, met een betere analysemethode, namelijk LigandFit. De moleculen die in de eerste fase van het project grof gefilterd zijn worden opnieuw bekeken en aan andere, uitgebreidere onderzoeken onderworpen. Ook worden er naast het hoofdproject regelmatig nieuwe projecten gelanceerd. Zo werd onlangs het project tegen pokken afgerond en een nieuw project (Human Proteome Folding) samen met IBM opgestart.


[bewerk] FAQ

[bewerk] Algemeen

[bewerk] Doel

In april 2001 is gestart met het United Devices Cancer Research Project. Dit non-profit programma zoekt naar medicijnen tegen kanker. Dit gebeurt door het simuleren van chemische reacties tussen vele miljoenen moleculen en vooraf geselecteerde eiwitten. Moleculen waarbij veelbelovende reacties optraden, zullen in een later stadium verder worden onderzocht. In de zomer van 2002 is de eerste fase van het project (THINK) afgesloten, en is begonnen met de 2e fase (LigandFit): de moleculen die in de eerste fase van het project grof gefilterd zijn, worden opnieuw bekeken, en aan andere, uitgebreidere onderzoeken onderworpen. Op 27 April is de stekker uit dit project getrokken, de resultaten zijn bereikt, en de leden zijn uitgezwermd over de vele andere projecten die de DC-wereld rijk is.


[bewerk] Organisatie

Het non-profit "United Devices Cancer Research Project" is een samenwerkingsverband tussen United Devices, Intel en de University of Oxford Chemistry Department. United Devices (UD) is een bedrijf gespecialiseerd in distributed computing, computers die, in een bedrijfsnetwerk of via het internet, samen een probleem oplossen. De University of Oxford Chemistry Department neemt het onderzoeksgedeelte voor haar rekening, en ontwikkelde het gedeelte van de client dat het eigenlijke onderzoekswerk verricht. Het project wordt gesubsidieerd door de Amerikaanse National Foundation for Cancer Research (NFCR), waarbij Intel tevens als sponsor bij het project betrokken is. Naast het "Cancer Research Project" heeft UD ook een "Anthrax Research Project" gedaan, alsook een project tegen pokken (smallpox).


[bewerk] Achtergrond en geschiedenis

Het UD-Grid nieuws kan je volgen via http://www.dutchpowercows.org/project.php?id=5. Kleine berichten m.b.t. het project staan in een forumpost op http://gathering.tweakers.net/forum/list_messages/1102677/

[bewerk] Looptijd

Het UD-Grid project is op 27 April afgerond. Helaas kun je er niet meer aan meedoen... Niet getreurd, Rosetta@Home, Folding@Home en TSC zijn andere medische projecten voor geïnteresseerden die hun PC "nuttig" willen inzetten.

[bewerk] Client

[bewerk] Systeemeisen

UD-Grid was één van de weinige projecten welke ook geschikt is voor trage computers. Dit komt omdat de puntentelling ook rekening houdt met de tijd die je computer aan een work unit bezig is.

  • Een Intel of amd processor (minstens 200MHZ)
  • Minstens 48 MB RAM geheugen. De client gebruikt ongeveer 10MB geheugen
  • Aangeraden is om minstens 256MB RAM te hebben. De work-units van Human Proteïn Folding gebruiken meer geheugen dan de cancer work-units.
  • 10 MB vrije ruimte op je harde schijf.
  • Een grafische kaart en beeldscherm dat 8-bits kleuren kan weergeven op een resolutie van 800x600.
  • Een internetconnectie. Een constante internetconnectie is niet vereist. De client merkt zelf op wanneer je verbonden bent met het internet om de afgewerkte taak te versturen.
  • Eén van de volgende besturingssystemen: Windows 98, Windows ME, Windows XP, Windows 2000 of Windows NT 4.0 met Service Pack 5. Er zijn geen plannen om een client te maken voor andere besturingssystemen.



[bewerk] Statistieken

[bewerk] Waardering

De berekening van de punten is net iets anders dan bij veel andere projecten. UD houdt namelijk niet alleen rekening met het aantal ingestuurde Work Units (WU's), maar ook met verscheidene andere factoren.

  • De processortijd besteed aan het project. En daardoor is dit project als één van de weinige ook geschikt voor trage pc's.
  • De hoeveelheid RAM-geheugen in je pc. Heel simpel: hoe meer geheugen er in je pc zit hoe meer punten je krijgt.
  • De beschikbare processorkracht beschikbaar in je pc. Bij het versturen van de WU wordt er gebenchmarkt hoeveel idle cpu kracht er is. Op basis van de cpu-load krijg je dus punten.
  • De uploadsnelheid van je pc naar de servers van UD. Op het moment dat de verwerkte WU van je computer naar de server wordt gestuurd wordt een kleine benchmark gehouden op de snelheid van je internetverbinding.
  • De grootte van de harde schijf waar UD op geïnstalleerd is. Wees gerust, de client neemt zelf niet meer in beslag dan een 10MB. Maar UD redeneert dat je 10 GB 'beschikbaar' houdt voor UD. Ook hoeft de ruimte niet beschikbaar te zijn, het feit dat de schijf groter dan of gelijk is aan 10GB volstaat.

[bewerk] Target Proteïnen

Superoxide dismutase (SOD)

Is een enzym die het superoxiderende radicaal (O2) verwijdert. Het is een soort natuurlijke anti-oxidant. Omdat kankercellen meer oxidanten produceren dan normale cellen kunnen ze in principe zichzelf oxideren tot celdood. Daarom is SOD een target proteïne, zodat deze geinhibiteerd (afgeremd) kan worden, waardoor kankercellen zichzelf dood oxideren c.q. beschadigen.

Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF)

Deze groeifactor (eiwitten die groei en celvermeerdering reguleren) stimuleert de groei van bloedvaten. De ongecontroleerde celgroei vereist aanleg van extra bloedvaten om de sterk delende cellen te voorzien van voedingstoffen en zuurstof. Als de groei van dergelijke bloedvaten kan worden onderdrukt, dan houdt dat automatisch ook in dat de kankergroei wordt afgeremd c.q. gestopt. Een medicijn die dit type groeifactor inhibiteert (remt) wordt hiermee als doel gesteld.

RAS proteins

Deze geven chemische signalen die de celgroei activeren. Zonder deze signaalfactoren weet de cel niet dat hij dient te groeien. Het inhibiteren (afremmen) van RAS proteïnen in kankercellen betekent een einde aan ongecontroleerde celgroei.

Insulin Tyrosine Kinase (IGF)

Dit enzym speelt een sleutelrol in het faciliteren van groei in kankercellen.

Cyclooxygenase (COX-2)

C-ABL Tyrosine Kinase

Fibroblast Growth Factor Receptor (1AGW)

CDK-2 (1AQ1)

RAF (1C1Y)

Farnesyltransferase (1D8D)

Protein-Tyrosine-Phosphatase 1B (1BZH)

VEGFr1 (1FLT)

[bewerk] Links

[bewerk] handige links

Teruggeplaatst van "http://wiki.dutchpowercows.org/index.php/UDGrid"
Aspecten/acties
Persoonlijke instellingen