World Community Grid

Van DPC wiki

Inhoud

1 World Community Grid
2 F.A.Q. (Frequently Asked Questions)
3 Problemen oplossen
4 Extra optionele programma's
5 Externe Links

[bewerk] World Community Grid

Het World Community Grid (WCG) is een grid waarin verschillende projecten draaien. Op dit moment zijn dat er negen, waarvan twee inactief (AfricanClimate@Home en Help Cure Muscular Dystrophy welke op 12/13 april zal hervatten). De projecten zijn:

FightAIDS@Home (FA@H) Gestart 21 november 2005

FightAIDS@Home werkt met de applicatie AutoDock, dat zelf een verzameling van applicaties is die voorspellen hoe kleine moleculen, zoals testmedicijnen, zich kunnen binden aan een "receptor" of een bekend 3D-structuur. Bij FightAIDS@Home worden grote hoeveelheden van verschillende kleine moleculen gekoppeld aan het HIV protease zodat de beste moleculen geselecteerd en getest kunnen worden voor een middel tegen AIDS. Het project is opgedeeld in vele experimenten waarvan de status hier gevolgd kan worden. Nieuwsbrieven en andere updates direct van het lab en de wetenschappers vind je hier

Human Proteome Folding Project - Phase II (HPF2) Gestart 23 juni 2006

Human Proteome Folding Phase II is het vervolg waar de eerste fase gestopt is. De twee hoofddoelen zijn een betere resolutie van de structuur van specifieke menselijke eiwitten en pathogeeneiwitten te verkrijgen en het verder onderzoeken van de grenzen van het voorspellen van het eiwitstructuur door het verder ontwikkelen van de Rosetta structuurvoorspellingssoftware. Het project is opgedeeld in vele experimenten waarvan de status hier gevolgd kan worden. Nieuwsbrieven en andere updates direct van het lab en de wetenschappers vind je hier

Help Cure Muscular Dystrophy - Inactief! Gestart 19 december 2006, Einde 11 juni 2007

Neuromuscular disease is a generic term for a group of disorders (more than 200 in all) that impair muscle functioning either directly through muscle pathology (muscular dystrophy) or indirectly through nerve pathology. Most of them are rare (affecting less than one person in 2,000), have a genetic origin (80%) and affect both children and adults. These chronic diseases lead to a decrease in muscle strength, causing serious disabilities in motor functions (moving, breathing etc.). Disease expression is variable; some disorders are progressive, while others remain stable for several years, and the same disease can cause different symptoms from one person to the next.

Despite advances in therapeutic techniques, there is currently no curative treatment available for persons affected by neuromuscular diseases.

Discovering Dengue Drugs - Together (DDDT) Gestart 21 augustus 2007

Het doel van Discovering Dengue Drugs - Together is om een medicijn en/of vaccin te vinden voor een 4-tal aan elkaar gerelateerde virussen (dengue (knokkelkoorts), hepatitis C, West Nijl en gele koorts). Het gaat hetzelfde in z'n werk als het FightAIDS@Home Project, in fase 1 wordt getest hoe de protease die de virussen gemeen hebben reageren met vele miljoenen moleculen om te zien welke mogelijk als antistof kunnen dienen. De moleculen die het beste uit de test komen worden in fase 2 nogmaals getest maar dan middels een meer uitgebreide testmethode. Uiteindelijk komt er een lijst met mogelijke kandidaten uit welke door onderzoekers in een laboratorium op de virussen getest gaan worden.

Help Conquer Cancer (HCC) Gestart 6 november 2007

Het doel van Help Conquer Cancer is om de manier waarop proteïnen onderzocht worden te verbeteren. Om hierdoor meer te leren over kanker gerelateerde proteïnen waardoor onderzoekers bijvoorbeeld in staat zouden zijn sneller een medicijn te kunnen vinden en kanker in eerdere stadia te kunnen diagnosticeren.

AfricanClimate@Home (AC@H) - Inactief! Gestart 3 september 2007, Einde 27 juni 2008

Het doel van AfricanClimate@Home is om betrouwbaardere klimaat modellen te ontwikkelen voor, zoals de naam van het project al aangeeft, het Afrikaanse continent. Dit wordt de basis om uit te zoeken hoe het klimaat gaat veranderen zodat hierop actie op genomen kan worden. De focus ligt hier op Afrika omdat verwacht wordt dat de gevolgen van globale klimaat veranderingen in 3de-wereld landen extra zwaar aan zullen komen door bijvoorbeeld gebrek aan goede infrastructuur.

Fase 1 werd op 26 juni 2008 compleet verklaard. Fase 2 start waarschijnlijk begin 2009. Dat project zal veel meer werk omvatten, maar de werkstukken worden veel kleiner, toegesneden zodat het sub-project breder toegangelijk is en niet alleen voor de high-end machines.

Nutritious Rice for the World (RICE) Gestart 12 mei 2008

Het doel van Nutricious Rice for the World is het voorspellen van de eiwitstructuren van belangrijke rijstsoorten. De bedoeling daarmee is om boeren the helpen om betere rijstsoorten met hogere opbrengsten te telen, om rijstsoorten met grotere weerstand tegen ziektes en plagen te ontwikkelen en om alle beschikbare (natuurlijke) voedingsstoffen te gebruiken om zo de bevolking in de hele wereld te helpen, met name in regio's waar honger een belangrijk probleem is.

The Clean Energy Project (CEP) Gestart 5 december 2008

Mission The mission of The Clean Energy Project is to find new materials for the next generation of solar cells and later, energy storage devices. By harnessing the immense power of World Community Grid, researchers can calculate the electronic properties of tens of thousands of organic materials – many more than could ever be tested in a lab – and determine which candidates are most promising for developing affordable solar energy technology.

Significance We are living in the Age of Energy. The fossil fuel based economy of the present must give way to the renewable energy based economy of the future, but getting there is the greatest challenge humanity faces. Chemistry can help meet this challenge by discovering new materials that efficiently harvest solar radiation, store energy for later use, and reconvert the stored energy when needed.

The Clean Energy project uses computational chemistry and the willingness of people to help look for the best molecules possible for: organic photovoltaics to provide inexpensive solar cells, polymers for the membranes used in fuel cells for electricity generation, and how best to assemble the molecules to make those devices. By helping us search combinatorially among thousands of potential systems, World Community Grid volunteers are contributing to this effort.

Help Fight Childhood Cancer (HFCC) Gestart 13 maart 2009

Mission The mission of the Help Fight Childhood Cancer project is to find drugs that can disable three particular proteins associated with neuroblastoma, one of the most frequently occurring solid tumors in children. Identifying these drugs could potentially make the disease much more curable when combined with chemotherapy treatment.

Significance Neuroblastoma is one of the most common tumors occuring in early childhood and is the most common cause of death in children with solid cancer tumors. If this project is successful, it could dramatically increase the cure rate for neuroblastoma, providing the breakthrough for this disease that has eluded scientists thus far.

[bewerk] F.A.Q. (Frequently Asked Questions)

Onder dit kopje staat een aantal veel voorkomende vragen.

Hoe kan ik de client installeren?

WCG maakt gebruik van de zogenaamde BOINC client. De gehele installatie procedure staat beschreven in de BOINC Faq

Hoe word ik lid van DPC bij WCG?

Teams worden bij WCG geïdentificeerd door de teamnaam, in ons geval voluit "Dutch Power Cows". Nadat je de client hebt geïnstalleerd en geregistreerd bent bij WCG kun je lid worden van DPC. Ga hiervoor naar onze teampagina op de WCG-site en klik op de "join this team" button.

Een snelle manier om te registreren met DPC als team reeds ingevuld is Dit Registratie Formulier. Joinen is dan automatisch.

NB: Tijdens dagelijks onderhoud van 00:06 UTC tot 01:00 UTC en 12:06 UTC tot 12:30 UTC is de registratie sectie en persoonlijke profiel niet bereikbaar. DIT ZOU NU WEL 24/7 moeten werken. - Update volgt

Hoe kan ik samen met anderen een subteam vormen?

Er zijn twee manieren om samen met anderen onder een naam te werken ofwel een subteam te vormen.

De eerste manier kan door alle leden van je subteam hetzelfde WCG account te laten gebruiken. Het nadeel van deze methode is dat je dan dus ook het wachtwoord maar ook de instellingen voor dat account moet delen. Het voordeel is dat het subteam behalve in de DPC hitparades op Got ook in de statistieken pagina's van WCG te zien is.

De tweede manier is door je naam als volgt aan te maken: subteamnaam.gebruikersnaam. Hierbij hebben alle leden dus dezelfde subteamnaam gevolgd door een punt maar een andere gebruikersnaam. Bijvoorbeeld MijnTeam.Jantje en MijnTeam.Pietje. Het voordeel van deze methode is dat ieder een eigen account en instellingen heeft bij WCG. Het nadeel is dat de subteams alleen zichtbaar zijn binnen de statistieken van DPC. Bij WCG en eventueel andere sites op internet zullen de leden individueel worden weergegeven.

Let op! Bij WGC moet je dus een punt (.) gebruiken om de subteamnaam te scheiden van je gebruikersnaam en niet een tilde (~) zoals gebruikelijk is bij andere BOINC-projecten.

WCG met BOINC Manager?

Je hebt een WCG member-account nodig, registreer je hiervoor op www.worldcommunitygrid.org Je kan dan je membername ingeven eventueel voor subteams zoals hierboven beschreven. Het gebruikte password heb je ook nodig om het project op te starten met de BOINC-Manager, verder moet je een werkend email-adres opgeven.

Je kan de laatste versie van BOINC Manager downloaden op boinc.berkeley.edu of de WCG custom skin met extra feature (under the hood) ophalen: Download Again Na installatie kan je een Project toevoegen onder Projectbeheer. Geef hiervoor als project-url op: www.worldcommunitygrid.org Bij nieuwere versies van BOINC kan je het project selecteren. Vervolgens je membername en password zoals geregistreerd bij WCG.

Vergeet niet DPC als team te kiezen. De 'Join' quick link is Join This Team

Hoe kan ik netwerk toegang tot BOINC clients instellen?

Maak een tekst-bestand aan genaamd: "remote_hosts.cfg". Open dit bestand en vul het ip-nummer in van de pc die hem moet kunnen uitlezen. In het bestand "gui_rpc_auth.cfg" vind je het wachtwoord voor die client. Plaats de bestanden in een van de volgende folders:

C:\Program Files\BOINC\ (Oudere Windows client)
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\BOINC\ (W2K/WXP recente client)
C:\Documents and Settings\[Username]\Application Data\BOINC\(W2K/WXP recente client, single user)
C:\ProgramData\BOINC\ (Vista)
/etc/boinc-client/ (linux)

Na een herstart van de BOINC client zal de client vanaf het ingestelde ip-nummer bereikbaar zijn.

Hoe maak ik een account voor de BOINC Service?

Je kunt je eigen Windows account en wachtwoord gebruiken om de service te laten starten maar dan moet dat account wel rechten hebben/krijgen om als service te kunnen fungeren. Beter is het om een ander account te gebruiken die speciaal is bedoeld om services onder te laten draaien.

Hieronder accounts die je kunt gebruiken:

WXP/W2K3

Gebruik het reeds bestaand account "NT AUTHORITY\NetworkService" (met leeg ww) of maak een service-account aan speciaal voor BOINC (zie W2K). Geef het account Full Control rechten op de BOINC folder ("C:\Program Files\BOINC").

W2K (zie ook: http://boinc.truxoft.com/security.htm)

1. Maak een account aan mbv het "Computer Management" programma in het Control Panel. Maak dan een "New User..." aan onder "Local Users", "Users" met bijvoorbeeld een naam als "svc_boinc". Geef dit account een sterk wachtwoord. Selecteer "User cannot change pw" en "PW never expires".

2. Geef dat account het recht om te starten als service. Start het "Local Security Policy" programma in het Control Panel. Voeg het zojuist aangemaakt account toe aan "Local Policies", "User Rights Assignment", "Log on as a service". (Verwijder eventueel het account dat je nu gebruikt voor boinc, let daarbij wel op dat er niet nog andere services zijn die ook dat account gebruiken om een service te starten).

3. Geef het account Full Control rechten op de BOINC folder ("C:\Program Files\BOINC").

4. Stop nu de BOINC service en vul het gemaakte account en wachtwoord in op tabblad "Log On".

Het wachtwoord kan je nu vergeten/weggooien want je kunt deze gewoon weer resetten in beide programma's als dat ooit nog nodig mocht zijn.

Hoe kan ik zien wat de Status is van mijn project werkstukken?

Het werk dat ontvangen wordt, alhier benaamd met woorden als taak, blokje, werkstuk, assignment en zelfs projecten ter meerdere verwarring worden in het 'taken' venster van de BOINC Manager uitgelijst. Aldaar is de voortgang der werkzaamheden zichtbaar. Nadat het werk af is en geretourneerd kan op My Grid > Result Status bekeken worden of het resultaat goed ontvangen is en of het al goedgekeurd is en of andere condities als wachtende op goedkeuring (Pending Validation). Dat kan dagen en sporadisch tot een week of langer duren. Voor een uitgebreide omschrijving moge verzocht worden op het WCG Start Here FAQ forum het relevante topic te bezoeken. Ga daarvoor direct naar hier.

Hoe kan ik de client DeviceID behouden bij herinstallatie Windows?

Als je Windows opnieuw op een pc gaat zetten moet je dus ook de client er opnieuw opzetten. Indien je de DeviceID van de client wilt behouden moet je voor de herinstallatie de client stoppen en de BOINC directory tijdelijk ergens heen kopiëren. Nadat Windows en Boinc weer geïnstalleerd is kan de kopie er dan weer overheen gezet worden en zal de client weer verder gaan waar hij gebleven was tijdens het maken van de kopie.

Wat zijn de systeemeisen voor mijn PC en hoeveel MB's gebruikt WCG?

Van alle actieve WCG projecten wordt bijgehouden wat je minimale systeemeisen zijn, hoeveel MB geheugen en schijfruimte een werkstuk nodig heeft en hoe groot je upload/download per project zijn. Onderstaande link is naar een plaatje met al deze gegevens. Het wordt automatisch geupdate als er iets verandert of als er nieuwe projecten komen. The Matrix

[bewerk] Problemen oplossen

Onder dit kopje vind je oplossingen voor problemen die soms kunnen voorkomen.

De BOINC client wil geen werk downloaden of uploaden.

In het log van de BOINC client verschijnt de volgende melding, of iets wat er op lijkt: Scheduler request failed: peer certificate cannot be authenticated with known CA certificates.

Oplossing: Controleer of de datum van de computer juist staat. Als dit te veel afwijkt kan mogelijk de versleutelde verbinding niet worden opgezet en dus geen werk worden opgehaald.

Er bestaat ook de mogelijkheid dat de ca_bundle.crt uit de installatie ontbreekt, veelal met eigen compiles en alternatieve Linux distro repositories. Het bericht is dan "Scheduler request failed: problem with the SSL CA cert (path? access rights?)". Ter oplossing hiervan:

Vindt de BOINC data folder: Ga naar het begin van het mesage log. Ergens aan het begin staat een regel zoiets als: |Data directory: C:\Program Files\BOINC
Het ontbrekende bestand ophalen: Verkrijg het op volgende adres. http://boinc.berkeley.edu/trac/browser/trunk/boinc/curl/ca-bundle.crt?format=raw - make sure you name the file ca-bundle.crt.
Plaats het bestand in de BOINC data (programma) folder.
Herstart BOINC. De manier hoe hangt af van hoe BOINC geinstalleerd was en op welk OS.

NB: Alleen WCG gebruikt momenteel SSL/HTTPS voor communicatie ter extra beveiliging. De firewall poort 443 dient eveneens open te staan voor uitgaand verkeer! De IP adressen zijn 198.20.8.241+246 (sinds 8 januari 2009).